本校農學院擁有傳統農業學系，且位於台灣主要農業生產地帶的雲嘉南平原，是提供在地農業從業人員終身永續學習最佳學府。目前共有農藝學系、森林暨自然資源學系等2個學系成立碩士在職專班招收進修學制碩士生，提供農業在職人員進修管道。

　　鑒於農學尚有園藝、木質材料與設計、動物科學、生物農業科技、景觀、植物醫學等，為建立農學高等專業領域在職進修之完整管道，因此自107學年度起停止農藝學系及森林暨自然資源學系碩士在職專班招生，同時在農學院下，由農學院相關系所支援，成立跨農學院系所之「農學院農學碩士在職專班」。